Ανώτατο όργανο του συλλόγου είναι η Γενική Συνέλευση και διοικείται από Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο εκλέγεται με τριετή θητεία από τη Γενική Συνέλευση και αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, τον Γενικό Γραμματέα, τον Ταμία και ένα σύμβουλο, που κατά πλειοψηφία είναι ιατροί.
Το Διοικητικό Συμβούλιο, ως εκτελεστικό όργανο του συλλόγου, μεριμνά για την προώθηση και πραγματοποίηση των σκοπών του συλλόγου, επιβλέπει την λειτουργία και τις δραστηριότητές του, επιβλέπει τα οικονομικά του συλλόγου (προϋπολογισμό - απολογισμό) και διαχειρίζεται την περιουσία του.

Κατά τη διάρκεια του 13ου Πανελλήνιο Συνέδριο Επιληψίας, το οποίο το οποίο πραγματοποιήθηκε στην Αθήνα, στο Ξενοδοχείο Wyndham Grand, από τις 07-09 Ιουνίου 2019 έγιναν και οι εκλογές για την ανάδειξη του νέου Διοικητικού Συμβουλίου του Π.Ε.Σ.Ε.

 

Ψήφισαν  67 άτομα και έλαβαν τους ακόλουθούς ψήφους :

• Γιαννακόδημος Στυλιανός 44 ψήφους
• Αθανάσιος Κοβάνης  41 ψήφους
• Κιμισκίδης Βασίλης 31 ψήφους
• Γαργάνης Κυριάκος 29 ψήφους
• Μαρκούλα Σοφία 26 ψήφους
• Ζαφειρίου Δημήτριος 25 ψήφους
• Γκατζώνης Στέργιος 21 ψήφους